结论：由实际合伙人表决。
合伙企业中原有30余名合伙人，已有大多数合伙人已退伙，实际仅剩数名合伙人。虽未办理工商变更登记，导致工商登记的合伙人与实际合伙人不一致，但合伙企业事项应由实际合伙人表决。
退伙生效以实际发生日为准
根据《中华人民共和国合伙企业法》第四十八条第三款规定："退伙事由实际发生之日为退伙生效日。"
退伙人自退伙事由实际发生之日即丧失合伙人资格，不再享有表决权、利润分配请求权、事务执行权等合伙人权利。工商登记未变更仅影响对外公示效力，不影响合伙企业内部的权利义务关系。
司法实践支持由实际合伙人表决
案例1：内蒙古自治区呼伦贝尔市中级人民法院（2014）呼商终字第26号
裁判说理：孙静波已签订《检测中心结算协议》，撤回全部股份并领取退伙款项，虽工商登记仍载有其出资额及比例，但法院认定其实际退伙既成事实，不再享有合伙人权利。工商登记资料不能作为认定合伙人身份的依据。
案例2：最高人民法院（2019）最高法民终1884号
裁判说理：不能以出资确认书记载的有限合伙人仍为工商登记合伙人为由主张退伙事由未实际发生。退伙事由实际发生之日即为退伙生效日。
案例3：北京市西城区人民法院（2021）京0102民初35843号
裁判说理：利亚达公司已签订《退伙协议》，并约定退伙时间，法院支持其要求办理工商变更登记的诉讼请求，确认退伙协议自签订之日起即具有合同约束力。
案例4：湖南省怀化市中级人民法院（2021）湘12民再57号
裁判说理：合伙人已履行出资义务、参与合伙人会议并享受分红，即使未进行工商登记变更，也不影响其成为合伙人并享有相应份额的事实。
案例5：修水县人民法院（2025）赣0424民初4779号
裁判说理：虽然工商登记具有公示公信效力，但结合《合伙人会议决议》等证据，实际合伙人的份额应予确认，工商登记错误侵害权利人权益的，应当予以调整变更。
实务建议
1.及时办理工商变更登记：虽不影响内部权利义务关系，但为避免对外公示不一致引发纠纷，建议在退伙事由发生后及时办理工商变更登记。
2.保留退伙书面证据：退伙协议、结算协议、合伙人会议决议等书面文件是证明退伙事实的关键证据，应当妥善保管。
3.明确退伙生效时间：在退伙协议中明确约定退伙生效的具体日期，避免因时间认定不清产生争议。
法律依据
《中华人民共和国合伙企业法》（2006修订）
第四十八条合伙人有下列情形之一的，当然退伙：
（一）作为合伙人的自然人死亡或者被依法宣告死亡；
（二）个人丧失偿债能力；
（三）作为合伙人的法人或者其他组织依法被吊销营业执照、责令关闭、撤销，或者被宣告破产；
（四）法律规定或者合伙协议约定合伙人必须具有相关资格而丧失该资格；
（五）合伙人在合伙企业中的全部财产份额被人民法院强制执行。
合伙人被依法认定为无民事行为能力人或者限制民事行为能力人的，经其他合伙人一致同意，可以依法转为有限合伙人，普通合伙企业依法转为有限合伙企业。其他合伙人未能一致同意的，该无民事行为能力或者限制民事行为能力的合伙人退伙。
退伙事由实际发生之日为退伙生效日。
提示：本文观点仅供参考，不构成任何决策建议。